أسست الدائرة المالية في الجامعة منذ بداية تأسيسها لتكون المسؤولة عن جميع الأعمال المـالية في الجـامعة،  وقــد نصت المــادة (5) من النظــام المالي النافذ في جامعة آل البيت على ما يلي: "الدائرة المالية في الجامعة، مسؤولة عن جميع الأعمال المالية في الجامعة بما في ذلك قبض أموال الجامعة ومتابعة تحصيلها ودفع الالتزامات المالية المترتبة عليها وفقاً لقانون الجامعة وأنظمتها والتعليمات والقرارات الصادرة بمقتضاها". تضم الدائرة المالية الشعب التالية: الموازنة والإيرادات والنفقات والرواتب والتأمينات والتكاليف والخدمات الالكترونية وإدارة الحسابات البنكية والتدقيق والديوان ومكافأة نهاية الخدمة والمشاريع المدعومة.

أهم واجبات الدائرة المالية:

1. القيام بمسؤولية قبض وتحصيل أموال الجامعة والمحافظة عليها، وأهمها الرسوم الجامعية والدعم الحكومي والمواقع المؤجرة.
2. القيام بمسؤولية دفع الالتزامات المالية المترتبة على الجامعة، وأهمها الرواتب والفواتير الطبية ورديات الطلبة والعملاء الخارجيين.
3. إعــداد مشروع مـــوازنة الجـــامعة وجداولـــها وبياناتهـا.
4. إعداد التقارير الدورية والشهرية والسنوية لحسابات الجامعة.
5. إعـداد الإحصائيـــات الضروريــة والمختلفـة لتزويد إدارة الجامعة بها أو مجلس التعليم العالي لاستخدامها في اتخاذ القرارات اللازمة.
6. تنفيذ ومراقبة الإنفاق من موازنة الجامعة.
7. التنسيق مـع مختلــف الـدوائر الحكومية والمؤسسات العامة، وذلك من أجل تحصيل إيرادات الجامعة أو دفع التزاماتها.
8. متــابعة تنفيذ الجوانب المـالية في الاتفاقيـات التي تعقدها الجامعة مع الجهات الخارجية أو الدولية بما لا يتعارض مع أنظمة الجامعة وتعليماتها النافذة.
9. تَطبيق أحدث الطرق المحاسبية وأكثرها تقدماً في تنفيذ الإجراءات المحاسبية القادرة على تحسين الأداء للموظفين والرفع من كفاءاتهم.