تم إنشاء معهد العمارة والفنون الإسلامية – تم تغير الاسم فيما بعد ليصبح قسم هندسة العمارة – في جامعة آل البيت في عام 1994 ليخدم أهداف الجامعة الأساسية , والتي تهدف إلى تعزيز الشعور بالانتماء إلى الحضارة الإسلامية وقيمها بالاضافة إلى التعريف بتراثها الحضاري ومنجزاتها ، كل ذلك في إطار رؤية الجامعة الهادفة إلى بذل الجهود لتطوير مجالات العلوم المختلفة عند المسلمين ، وبخاصة في محاولة لإعادة ربط العلوم بأصولها الإسلامية.
في عام 2002 بدأ قسم هندسة العمارة بطرح برنامج البكالوريوس في هندسة العمارة ، حيث استقبل القسم نحو 70 طالباً من مختلف أنحاء الأردن . وكان طرح هذا البرنامج في إطار سعي الجامعة لاستحداث تخصصات جديدة تحقق آمال واحتياجات المجتمع إضافة إلى توفير الفرصة للطلاب من جميع أنحاء الأردن عامة ولأبناء المفرق وماحولها بخاصة لدراسة تخصص هندسة العمارة دون الحاجة إلى تحمل مشقة السفر إلى جامعات أخرى داخل مدن المملكة أوالسفر خارج البلاد.
يهدف القسم إلى إعداد الموارد البشرية المؤهلة على المستوى المحلي والإقليمي ، الموارد البشرية ذات الجذور الراسخة المبينة على المبادىء النظرية والفلسفية في علم العمارة والمستندة إلى المنظور الحضاري الإسلامي. موارد بشرية قادرة على التعامل مع المشاكل المعمارية في مجال العمارة كعلم ذي ارتباطات وتداخلات مع مختلف العلوم النظرية والتطبيقية. كما يهدف القسم إلى خلق البيئة المعمارية والحضرية الى تتوائم مع المتطلبات االإنسانية الاجتماعية ، النفسية والاقتصادية باستخدام الأساليب الصديقة للبيئة بأحدث التقنيات في مجال توفير الطاقة واستدامتها. يطمح القسم بأن يساهم بفاعلية في بناء الأسس العلمية وإرساء القيم الثقافية التي تعكس القيم العربية الإسلامية الأصلية المتمثلة في الأردن وبالذات في جامعة آل البيت .
يعمل القسم بصورة دؤوبة على بناء جسور التواصل مع المدارس المعمارية في الأردن والعالم العربي وعلى المستوى العالمي ، إضافةإلى المؤسسات الهندسية في القطاعين العام والخاص، كما أن القسم يسعى إلى تعين أعضاء هيئة تدريس مؤهلين لرفد القسم بخبراتهم البحثية والأكاديمية. من جهة أخرى، يعمل القسم بكامل طاقته على استكمال تجهيز مرافقه بما فيها المراسم وقاعات المحاضرات بالبنية التحتية اللازمة من طاولات رسم ومعدات تقنية وعلمية متطورة تتماشى مع التطور المستمر في المجالات المعمارية بخاصة فيما يتعلق باستخدام الحاسوب في الرسم والإظهار المعماري ، كما يسعى المعهد إلى فتح مكتبة قسم غنية بالكتب والمراجع المعمارية.