يسعى المركز إلى تحقيق الأهداف التالية:

1. إجراء البحوث في مجالات دراسات اللاجئين والهجرة القسرية في الأردن وفي الدول المجاورة حسب أولوياتها.
2.إنشاء قاعدة بيانات متكاملة خاصة بأبحاث اللاجئين.
3. تشجيع ومتابعة المشاريع الوطنية والإقليمية التي تهتم بشؤون وقضايا اللاجئين.
4. المشاركة في المؤتمرات الإقليمية والعالمية التي تُعنى بشؤون اللاجئين والهجرة القسرية.
5. إقامة المؤتمرات الدولية التي تهتم باللاجئين في العالم، وفي الأردن ودراسة الجوانب الاجتماعية و الاقتصادية والبيئية للجوء والهجرة.
6. إقامة مشاريع الدعم النفسي والاجتماعي للاجئين والمجتمعات المستضيفة بالتعاون مع الجمعيات التعاونية في المحافظة.
7. إنشاء شبكة بحثية تجمع الباحثين المهتمين بشؤون اللاجئين حول العالم والاستفادة من خبراتهم وإفادة باحثي المستقبل.
8. نشر الوعي حول أهمية بحوث ودراسات اللاجئين والهجرة القسرية واثرها في التنمية المستدامة.
9. الاتفاق مع الجهات الرسمية في محافظة المفرق لاعتبار المركز مظلة رسمية وممر لجميع البحوث والدراسات التي تعنى باللاجئين وخصوصا اللاجئين السوريين في مخيم الزعتري.
10. التشبيك مع المنظمات الدولية لتحديد أطر التعاون لدعم أبحاث و دراسات اللاجئين من خلال المركز.
11. نشر الوعي حول أهمية التعاون و التماسك والتقبّل بين المجتمعات المستضيفة للاجئين و بين اللاجئين أنفسهم من خلال عقد ورشات عمل تدريبية حول المهارات الاجتماعية اللازمة وندوات وفعاليات مشتركة للطرفين.
12. توحيد جهود الجهات المختلفة من منظمات ودوائر حكومية ومفوضية اللاجئين والباحثين تحت رعاية المركز.
13. نشر المعرفة والخبرة في مجالات بحوث اللاجئين وإمكانية تطوير الظروف من خلال المحاضرات، الندوات، والمؤتمرات المتخصصة وتنفيذ المشاريع البحثية في مجالات اللاجئين والهجرة القسرية.