تأسست كلية علوم الأرض والبيئة في عام 1998، لتحقيق أهداف الجامعة ومع ماجاء في مضمون الإرادة الملكية السامية لتأسيس جامعة آل البيت "الحاجة الملحة لوجود نوع جديد متميز من الجامعات يجمع بين معطيات العلم وأساليبه في البحث والتدريس من جهة، ومقتضيات الإيمان والاعتقاد وشفافية الرؤية من جهة أخرى، وتقيم حالة من التوافق والانسجام بين هذه المعطيات مجتمعة، حتى تشكل في النهاية شخصية الإنسان المسلم المتكامل، المنسجم مع بيئته وحضارة عصره (مقتبس من الإارادة الملكية السامية،1992)".

في عام 1995، ولوجود جامعة آل البيت في منطقة صحراوية تحوي العديد من المصادر الطبيعية مثل المياه الجوفية والصخور والخامات المعدنية، تم تأسيس وحدة البحوث الاستراتيجية للمياه والبيئة لتنفيذ الدراسات العلمية المتعلقة باستكشاف المياه الجوفية، والحصاد المائي، ودراسات السدود، ومراقبة المياه الجوفية، ودراسات تقييم الاثر البيئي، والزراعة وتلوث المياه الجوفية. زودت الوحدة بأجهزة ومختبرات متقدمة، وقد حققت وحدة البحوث سمعة جيدة على المستوى المحلي والإقليمي وشاركت بالعديد من المشاريع التنموية والبيئية والتي عادت بالفائدة على الجامعة والمحافظة.

إن إنجازات وحدة البحوث الإستراتيجية للمياه والبيئة كانت مشجعة في عام  2001 إلى  تأسيس كلية علوم الأرض والبيئة. وبدأ المعهد بفتح برنامج ماجستير في تخصص موارد المياه والبيئة، وفي عام 2003 تم طرح برنامج يمنح درجة البكالوريوس في علوم الأرض والبيئة التطبيقية، يهدف إلى إعداد طلبة مختصّين في الجيولوجيا وموارد المياه والبيئة، وتنفيذ دراسات ذات علاقة بالمياه ومختلف مجالات علوم الأارض والبيئة مثل : المعادن والصخور الصناعية، والجيوفيزياء، والسدود، والمتحجرات، والجيولوجيا الإحصائية، والطاقة الجوفية،  والجيولوجيا التركيبية، وكيمياء المياه والصخور الرسوبية. وتم رفد المعهد بأعضاء هيئة تدريسية ذات كفاءة في مختلف حقول الجيولوجيا والبيئة. وقد تركزت أبحاثهم بمواضيع الموارد المعدنية والصخور والمياه والبيئة في المناطق الصحراوية والبادية الاردنية وفي المملكة بشكل عام.

في عام 2014 تم طرح برنامج يمنح درجة البكالوريوس في نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد ((GIS & RS وهو برنامج متميز على المستوى المحلي والمنطقة. يهدف هذا البرنامج إلى رفد السوق المحلي بالكوادر المؤهلة والمدربة في مجال نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد وتطبيقاتها المختلفة في المجالات البيئة والزراعية والمجالات الأخرى.

تضم الكلية أيضا برنامج ماجستير في الجيولوجيا التطبيقية، ونتطلع مستقبلا إلى التوسع في برامج الدراسات العليا في  مجال الموارد المعدنية ذات المردود الاقتصادي ومجال التنمية المستدامة والبيئة ومجال نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد لمواكبة عجلة التنمية الاقتصادية وتلبية احتياجات الأسواق المحلية والإقليمية. حيث تشهد مدينة المفرق تطور اقتصادي بعدما تم إعلانها منطقة اقتصادية خاصة والتي  تحتاج إلى كوادر مؤهلة في جميع الحقول .كما انعكست هجرة اللاجئين للمحافظة بعبء هائل على مواردها المختلفة سواء كانت  طبيعيّة أم غير طبيعية مما يشكل تحديا واضحا أمام الباحثين وطلبة الدراسات العليا للبحث في تقييم هذه الموارد وتعظيم الفائدة منها.

نفذت في كلية علوم الأرض والبيئة عدة بحوث ودراسات في مجال البيئات القديمة والمناخ القديم وبتمويل من وكالات اوروبية داعمة. وقد شاركت الكلية بالعديد من المؤتمرات الدولية والمحلية وورش العمل والندوات. وشاركت في مشاريع بحثية ممولة من اليونسكو والاتحاد الأوروبي والبنك الدولي تتعلق في الموارد المعدنية والطاقة الجوفحرارية و معالجة المياه العادمة وإعادة استخدامها، واستخدام تكنولوجيا المعلومات لأعداد الكوادر المختصّة في قطاع البيئة والمعادن والمياه.

تتطلع الكلية بكوادرها التدريسية والإدارية إلى تحقيق الأهداف العلمية كجزء من مؤسسة أكاديمية مرموقة والمساهمة في تحقيق أهداف التنمية المستدامة بما ينعكس بالفائدة على الطلبة والجامعة والمجتمع المحلي.