برنامج الفقه وأصوله أحد تخصصات علوم الشريعة الإسلامية الأساسية التي تتناول دراسة الأحكام الشرعية العملية المكتسبة من أدلتها التفصيلية والتعرف على منهجيات المدراس الفقهية وقواعدها في استخراج الحكم الشرعي بالأدوات الأصولية المختلفة للتعامل مع قضايا الحياة ومستجداتها ونوازلها وفق نهج علمي تخصصي رصين. ويتناول البرنامج مجموعة كبيرة من أبواب الفقه الاسلامي ، ومن أهمها: العبادات والمعاملات والأحوال الشخصية والسياسة الشرعية : الجنايات والعقوبات ونظام الحكم والفقه السياسي وحقوق الانسان بالإضافة إلي علوم أصول الفقه الاسلامي المتعددة وقواعده ومصادر الأدلة الأصلية والتبعية وفقه الدلالات ومقاصد الشريعة وفقه الموازنات والترجيحات ونحوه. ويطرح القسم جملة من التخصصات العلمية والأكاديمية التي تساهم في صقل شخصية طالب الفقه وأصوله ليكون قادرًا على أن يؤدي دورًا مهمًا في محاكاة حاجات ومشاكل وقضايا مجتمعة ووطنه وأمته بأعلى درجات الانضباط العلمي وبمنهج الوسطية والاعتدال والاحترام والتقدير لمذاهب الفقهاء المتعددة والمختلفة. ومن هذه المساقات: الأمن والسلم المجتمعي في التشريع الإسلامي، الاصلاح والإرشاد الأسري، أحكام البيئة في التشريع الإسلامي، الأمن الفكري في الإسلام، فقه الخلاف والمناظرة والاتصال، فقه الأقليات، فقه القانون المدني الأردني، ونحوها. ويشترك برنامج الفقه وأصوله مع برنامج أصول الدين في العديد من المساقات المشتركة تكوين شخصية علمية متكاملة قادرة على التعامل مع المسائل الشرعية، وكما يعتبر برنامج الفقه وأصوله أحد البرامج التي تم اعدادها وتم رسم خططها؛ ليكون مساهمًا بارزًا في تحقيق رسالة جامعة آل البيت التي تتميز ببناء الشخصية العلمية الدينية والدنيوية وكما أردها الخطاب الملكي السامي عند تأسيس الجامعة.