تأسس قسم الجغرافيا التطبيقية منذ العام الجامعي 2019/2020م، ويمنح القسم درجة البكالوريوس في الجغرافيا التطبيقية، ويعد هذا التخصص الأول من نوعه في الأردن كتخصص قائم على أساس التطبيق والعمل الميداني اعتمادا على التقنيات التكنولوجية الحديثة كنظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد ونظام التوقيع العالمي، وتأتي فكرة تأسيس القسم في جامعة آل البيت انطلاقا من الحاجة الماسة لخريجي تخصص الجغرافيا التطبيقية في القطاعين العام والخاص، ويستدل على ذلك من الإقبال غير المتوقع للطلبة للتسجيل في تخصص الجغرافيا العامة في الجامعات الأخرى وحاجة سوق العمل المتزايدة لهذا التخصص، وينفرد التخصص بالمسارات العملية التطبيقية مما يتيح المجال أمام الخريجين للمنافسة من أجل الحصول على فرص العمل المتاحة في القطاعات المختلفة.
ويتوافر في القسم مختبر حديث لنظم المعلومات الجغرافية يستخدم في تدريس المساقات العملية وتدريب الطلبة على التقنيات الحديثة وفي البحوث العلمية لأعضاء هيئة التدريس. وينوي القسم الى استحداث مختبر جديد للاستشعار عن بعد في السنوات القادمة.