تم استحداث قسم نظم المعلومات في كلية تكنولوجيا المعلومات عام 2004، وذلك لمواكبة التطورات المتسارعة في علوم الحاسوب وتشعباتها. يطرح قسم نظم المعلومات أربعة برامج لمرحلة البكالوريس لتغطي مختلف القطاعات الحيوية، حيث يضم القسم اليوم أربعة برامج رائدة:

نظم المعلومات الحاسوبية (CIS): التركيز على بناء وتطوير الأنظمة البرمجية المتكاملة.

نظم المعلومات الإدارية (MIS): دمج التقنية بالعمليات الإدارية لدعم اتخاذ القرار.

نظم المعلومات الصحية (HIS): توظيف التكنولوجيا لخدمة القطاع الطبي ورفع كفاءة الرعاية الصحية.

تطوير تطبيقات الأجهزة الذكية (SAD): مواكبة التطور المتسارع في عالم البرمجيات المحمولة والذكاء الاصطناعي.

كما يعمل القسم حاليا على استحداث تخصصات جديدة على مستوى البكالوريس والماجستير، وذلك لتخريج طلبة قادرين على مواكبة المستجدات في مجالات تكنولوجيا المعلومات المختلفة​